A história gira em torno de Medaka Kurokami, eleita presidente do conselho estudantil da escola Hakoniwa. Medaka então cria uma caixa de sugestões e propostas (Medaka Box) dos alunos, com a finalidade de melhorar a vida escolar, e também qualquer outro pedido de ajuda, na qual o conselho fará o possível para resolver. Ela conta com a ajuda de seu amigo de infância Zenkichi Hitoyoshi, que se conhecem desde os 2 anos de idade, e futuramente entrarão como membros do conselho o príncipe do judô Kouki Akune e a nadadora muquirana Mogana Kikaijima.